Chirurgia stomatologiczna zajmuje się usuwaniem zębów, których nie można uratować leczeniem endodontycznym. Zabiegi chirurgiczne wykonywane są przez chirurga stomatologicznego i wykonywane są w celu eliminacji zębopochodnych punktów zakażenia kości. Należy pamiętać by takich zębów nie pozostawiać w jamie ustnej, ponieważ bakteria, a także ich toksyny przedostają się do układu krwionośnego i trafiają do każdego miejsca w ciele.

Chirurgia stomatologiczna to nie tylko zabiegi ekstrakcji, ale także resekcje wierzchołka korzenia, leczenie ropni oraz przetok ustno-twarzowych, podcinanie wędzidełka, usuwanie torbieli korzeniowych, przygotowanie jamy ustnej do leczenia protetycznego.